Desa Namatota aslinya bernama Ufiyai adalah pusat Kerajaan Namatota yang disebut dalam buku negara-kertagama dari kerajaan Majapahit (1365) dengan sebutan Kerajaan Koiway, ini bermakna bahwa telah adanya kontak antara penduduk asli selatan papua dengan penduduk di wilayah nusantara lainnya.
Kerajaan Namatota atau Kerajaan Koiwai berada di Semenanjung Bomberai memegang peranan penting pada masa lampau sebagai bagian dari jalur perdagangan dengan komoditas-komoditas berasal dari pedalaman Tanah Papua seperti pala, bulu burung cendrawasih, kayu masohi, teripang atau sisik penyu.
Hingga kini di Kampung Namatota masih mengenal 2 sistem pemerintahan
Pada masa jelang Perebutan Irian Barat, Raja Namatota pernah mendampingi Presiden Indonesia Ir. Soekarno menghadiri pertemuan 16 September 1961 di Washington DC. Raja Namatota diberi penghargaan atas Kiprah yang turut memastikan perjuangan Kembalinya Irian Barat ke Pangkuan RI.
Dasar Pembentukan Desa Namatota
- Undang-Undang Nomor 12 tahun1969
- Undang-undang no 26 thn 2002
- Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Irian Jaya No. 193/GIJ/1973 tentang petunjuk pelaksanaan pembentukan kecamatan di daerah tingkat l Irian Jaya termasuk di daerah tingkat ll Fakfak sebanyak 8 kecamatan.
- Perda Kabupaten Kaimana Nomor 25 Tahun 2009 tentang Organisasi dan Tata Kerja Distrik dan Kelurahan Kabupaten Kaimana (Lembaran Daerah Kabupaten Kaimana Tahun 2007 Nomor 47);
- Perda Kabupaten Kaimana Nomor 7 Tahun 2007 Tentang Penghapusan Pembentukan Dan Perubahan Status Kampung Dan Kelurahan Di Wilayah Kabupaten Kaimana.
